Pengertian Mikroba Patogen adalah mikroba yang dapat menyebabkan penyakit dapat ditemukan diberbagai tempat, tersebar luas di tanah, air, udara, tanaman, hewan dan manusia. Mikroba tersebut dapat terbawa oleh pangan atau tangan dan peralatan masak yang dapat mencemari pangan sehingga menyebabkan penyakit. Pangan mentah terutama daging sapi, unggas, seafood dan cairan yang ditimbulkannya dapat mengandung mikroba patogen yang dapat mencemari pangan lainnya selama pengolahan dan penyimpanan.
Umumnya mikroba patogen yang menyebabkan penyakit pada manusia adalah mikroba yang mempunyai pertumbuhan optimal pada suhu 20-40 derajat Celcius. Bakteri memperbanyak diri dengan membelah satu menjadi dua dan seterusnya, pada kondisi yang paling optimal satu bakteri dapat memperbanyak diri menjadi satu juta dalam waktu kurang dari 4 jam. Memasak pangan dengan tepat dapat membunuh mikroba patogen.
Pangan yang dimasak dengan suhu internal 70 derajat Celcius dapat memberi kepastian pangan aman untuk dikonsumsi. Mikroba dapat berkembang dengan cepat pada suhu ruang. Pertumbuhan mikroba akan melambat atau terhenti apabila dijaga pada suhu dibawah 5 derajat Celcius atau diatas 60 derajat Celcius. Beberapa mikroba patogen ada yang dapat tumbuh pada suhu dibawah 5 derajat Celcius.
Makanan matang sebaiknya tidak dibiarkan pada suhu ruang lebih dari 2 jam, dan simpan semua pangan yang cepat rusak didalam lemari pendingin (sebaiknya suhu dibawah 5 derajat Celcius) serta jangan terlalu lama menyimpan makanan di lemari pendingin. Pisahkan makanan matang dari pangan mentah, dan simpan makanan matang dalam wadah yang dapat menghindarkan kontak dengan makanan mentah. Pertahankan sedapat mungkin suhu makanan lebih dari 60 derajat Celcius sebelum disajikan.
Banyak penelitian-penelitian yang bergerak di bidang antimikroba menggunakan mikroba uji seperti E. coli mewakili bakteri Gram-negatif, S. aureus atau S. mutans mewakili bakteri Gram-positif (Ceylan et al. 2008; El-Mahmood et al. 2010), serta C. albicans mewakili kamir (Nanjwade et al. 2010), Fusarium sp. dan Ganoderma sp. mewakili jamur berfilamen atau kapang. Mikroba tersebut bersifat patogen terhadap berbagai macam inang.
Escherichia coli berbentuk batang pendek termasuk bakteri Gram-negatif yang membentuk rantai. Dalam keadaan pembiakan yang tidak cocok dapat terjadi bentuk filamen yang panjang, bersifat aerob atau anaerob fakultatif jarang terdapat kapsul, terjadi pengerakan pada sebagian strain E. coli. Bakteri E. coli merupakan kelompok Enterobacteriaceae yang hidup di dalam saluran pencernaan manusia sebagai penghuni usus (enteron) dan bersifat patogen (Ajizah et al. 2007).
Staphyloccos aureus merupakan bakteri patogen utama pada manusia yang menyebabkan berbagai penyakit secara luas yang berhubungan dengan toxic shock syndrome sebagai akibat dari keracunan pangan. Bakteri ini dapat membuat enterotoksin yang dapat menyebabkan keracunan makanan (Ajizah et al. 2007).
Candida albicans merupakan jamur dimorfik karena kemampuannya untuk tumbuh dalam dua bentuk yang berbeda yaitu sebagai sel tunas yang akan berkembang menjadi blastospora dan menghasilkan kecambah yang akan membentuk hifa semu. C. albicans dapat tumbuh pada variasi pH yang luas, tetapi pertumbuhannya akan lebih baik pada pH antara 4,5-6,5. Pada manusia, C. albicans sering ditemukan di dalam mulut, feses, kulit dan di bawah kuku orang sehat. C. albicans juga dapat membentuk biofilm pada permukaan peralatan medis yang dapat menjadi penyebab infeksi lokal dan sistemik (Harriott & Noverr 2009).
Fusarium merupakan genus cendawan berfilamen yang banyak ditemukan pada tanaman dan tanah. Patogen ini dapat menyebabkan damping-off di persemaian dan tanaman dewasa, terutama saat tanaman memasuki fase generatif. Golongan Fusarium dicirikan dengan struktur tubuh berupa miselium bercabang, hialin dan bersekat (septa) dengan diameter 2-4 =C2=B5m.
Beberapa spesies Fusarium merupakan patogen pada tanaman yang dapat menyebabkan penyakit hawar yang menyerang gandum di berbagai belahan Eropa, Amerika, dan Asia hingga menjadi epidemik dan mengakibatkan kerugian akibat kegagalan panen. Infeksi biji gandum oleh spesies Fusarium dapat menyebabkan kontaminasi oleh adanya mikotoksin yang dapat mempengaruhi kesehatan manusia dan hewan (Desjardins et al. 1999).
Ganoderma dikenal sebagai genus jamur dari kelompok Basidiomycetes yang dapat menyebabkan busuk putih. Namun belakangan ini Ganoderma telah banyak digunakan untuk tujuan pengobatan terutama di China, Jepang, dan Korea. Ganoderma juga merupakan produsen penghasil mikokimia novel dalam jumlah yang besar (Paterson 2006).